提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
武汉“烟火气”持续升腾 消费市场年味浓******
(新春见闻)武汉“烟火气”持续升腾 消费市场年味浓
中新社武汉1月12日电 题:武汉“烟火气”持续升腾 消费市场年味浓
中新社记者 张芹
临近农历新年,漫步于武汉街头,处处可见高高悬挂的大红灯笼和中国结、琳琅满目的兔元素装饰品,菜市场里“烟火气”氤氲而升,春节氛围渐渐“拉满”。
腌制腊鱼、腊肉、腊肠……进入冬至,武汉人便开始张罗着,食材在白酒、花椒、八角、桂皮等各式调料以及阳光“加持”下,无须半月,散发诱人的咸香。待到春节,就成了餐桌上的佳肴。
走进武汉市硚口集贤二路,小巷里有家老字号“甚美王牌香肠”。档口处,早已围满前来“打年货”的顾客。“早上八点就过来排队,还好想要的都买到了。”66岁的李桂珍祖籍河南。她40多年前来到武汉,此后一直在此定居,入乡随俗口味也发生了变化,每年过年总少不了备上各式腊味。
除了腊味,武汉人春节的餐桌上少不了炸圆子。片鱼、剁肉、搅馅、下油锅……38岁的赵榕刚系上围裙,熟练地完成一整套动作。半年前,他决心投入自己热爱的餐饮行业,从小吃到大的炸圆子就成了首选创业项目。
“每个城市都有自己的味道,对于武汉来说,炸圆子在春节期间最不可或缺。”赵榕刚告诉记者,选择在春节前开业正是为了迎合当下消费热点。目前,每天销售额可达15000元人民币左右。
在汉口北小商品城,春联、年画、窗花以及各式各样的新春饰品品类繁多,吸引众多民众驻足选购。商铺里的老板一边接待顾客,一边对照订单打包发货,无暇与人闲聊。
不远处新近开业的鲜花小镇里,人头攒动。冬青、腊梅、水仙、蝴蝶兰等年宵花尤受青睐。“过年给家里添几盆植物,有种焕然一新的感觉。”市民刘媛说。
午餐时间,位于汉口台北路的湖北本土菜馆“小蓝鲸”座无虚席。餐厅负责人刘方姣介绍,从农历小年到正月十五团圆宴基本都已预定,今年餐厅还推出“手提团圆宴”,受到消费者欢迎。
武汉餐饮业协会会长刘国梁介绍,春节期间,全市80余个餐饮品牌联合推出滋补煨汤节、邻里年货节等活动,希望借此为广大消费者提供更多元、优质的用餐选择。
记者搜索各大旅游平台发现,武汉热门景点周边,春节期间几乎一房难求。
“春节假期将迎来一波高峰。”中国旅游研究院武汉分院常务副院长龚箭认为,短途自驾、冰雪游、休闲游、营地游将成为近期旅游市场的主流和热点。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)